Michał Kędzierski swoją karierę sportową rozpoczynał w Asseco Resovii Rzeszów, ale w rozgrywkach PlusLigi zadebiutował w barwach zespołu Wojskowych. W Radomiu siatkarz spędził dwa sezony (2013/2014 – 2014/2015), a następnie został wypożyczony do Effectora Kielce (sezon 2015/2016), gdzie był podstawowym rozgrywającym.

Po rocznym pobycie w drużynie z Kielc, Michał Kędzierski w sezonie 2016/2017 wrócił do Radomia, gdzie sztab trenerski powierzył mu miano pierwszego rozgrywającego zespołu. Wojskowi wówczas zajęli 7. miejsce w PlusLidze, a Kędzierski po udanych rozgrywkach przeniósł się do swojego macierzystego klubu – Asseco Resovii Rzeszów.

Rozgrywający w Rzeszowie spędził zaledwie rok, a następnie obrał zagraniczny kierunek. Sezon 2018/2019 spędził we włoskiej drużynie Argos Volley Sora, z którą sięgnął po 9. miejsce w rozgrywkach Serie A. Po krótkiej przygodzie w Italii ponownie zawitał do Polski i w sezonie 2019/2020 ponownie podpisał kontrakt z zespołem z Radomia.

Od tego czasu „Kędzior” nieprzerwanie broni barw zespołu Cerrad Enea Czarnych Radom, z którym kolejno sięgał po 7. miejsce (2019/2020), 12. miejsce (2020/2021) i 13. miejsce (2021/2022). Michał Kędzierski ma za sobą łącznie 9 sezonów w PlusLidze, z czego sześć lat rozegrał w zespole Cerrad Enea Czarnych Radom. Na swoim koncie w najwyższej klasie rozgrywkowej w Polsce rozgrywający ma 225 występów, z czego 165 meczów rozegrał w koszulce Cerrad Enea Czarnych Radom, zdobywając dla Wojskowych łącznie w PlusLidze 201 punktów.