Od 1978 roku związany był z Wyższą Szkołą Inżynierską w Radomiu, która, również dzięki jego staraniom, uzyskała w 1995 roku status Politechniki Radomskiej. Pracował na stanowisku docenta, później profesora Uczelni. Od początku kierował Zakładem Chemii Polimerów, także Katedrą Garbarstwa, Tworzyw Sztucznych i Gumy, a następnie Katedrą Tworzyw Sztucznych. Pełnił na Uczelni ważne funkcje kierownicze, w latach 1983-1987 był dziekanem Wydziału Materiałoznawstwa i Technologii Obuwia, a w latach 1987-1992 Prorektorem ds. Nauki i Współpracy z Gospodarką Narodową.

W okresie 50 lat pracy zawodowej Profesor Tomasz Prot opublikował ponad 70 rozpraw i artykułów naukowych, uzyskał 26 patentów, był autorem lub współautorem 120 wystąpień na konferencjach naukowych. Jego prace są licznie cytowane. Brał również udział w 5 wdrożeniach dotyczących technologii żywic lakierniczych (między innymi cyklohehsanono-formaldehydowych).

Efekty jego pracy dostrzeżono i doceniono. Otrzymał szereg nagród. Został odznaczony Złotym Krzyżem Zasługi, otrzymał Medal Edukacji Narodowej, odznakę Zasłużony dla Województwa Radomskiego. Uhonorowano go także nagrodą Ministra Nauki, Szkolnictwa Wyższego i Techniki II stopnia za osiągnięcia w dziedzinie badań naukowych w zakresie chemii fotoprzewodników organicznych, sześcioma nagrodami Rektora Politechniki Warszawskiej oraz siedemnastoma nagrodami Rektora Wyższej Szkoły Inżynierskiej i Rektora Politechniki Radomskiej.

Był też jednym z inicjatorów wieloletniej współpracy pomiędzy ówczesną Politechniką Radomską a środowiskiem naukowym Uczelni Ukraińskich z Katedry Chemii Związków Wielkocząsteczkowych Uniwersytetu Kijowskiego, Katedry Technologii Związków Wielkocząsteczkowych Chemiczno-Technologicznego Uniwersytetu w Dniepropietrowsku oraz Politechniki Lwowskiej. Owocem tej współpracy jest organizowana do dziś Polsko-Ukraińska Konferencja Naukowa „Polymers of Special Application”. Nawiązywał i rozwijał międzynarodową współpracę naukową z wieloma ośrodkami, m.in. z Uniwersytetem Kijowskim. Działania te zostały uhonorowane przyjęciem profesora Tomasza Prota w 1994 roku w poczet członków Akademii Szkół Wyższych Ukrainy.

Warto podkreślić również godną naśladowania cechę Profesora Prota, którą była umiejętność kierowania zespołem. Wysoką kulturą osobistą, siłą spokoju oraz dyplomatycznym sposobem bycia zjednywał sobie ludzi. Potrafił obiektywnie oceniać współpracowników, z dużą życzliwością i zaangażowaniem pomagać w rozwiązywaniu różnych problemów i łagodzeniu wszelkich pojawiających się konfliktów. Dziś wspominamy go z szacunkiem i wdzięcznością - mówi rzecznik UTH, dr hab. Dariusz Trześniowski.

Uroczystości pogrzebowe odbędą się dnia 24 września 2020 (czwartek) o godz. 12:00 na Cmentarzu Żydowskim (obok Cmentarza Powązkowskiego) w Warszawie.